本系創始於民國二十年，原為台南高等工業學校電機科，歷經多次變革，並於民國四十年六月，經行政院核准改制為台灣省立成功大學電機工程學系。其後陸續增設碩、博士班以及在職專班等，並在民國八十九年，由本系電子組擴編設立微電子工程研究所，正式邁入一系多所新紀元，隨後再於民國九十二年成立電腦與通信工程研究所。

本系系館原位於成功校區工學院大道旁，為創校時代平房建築，民國二十二年九月改建為二層樓建築。鑑於本系發展迅速，師生人數不斷增長，原有系館建築面積已不敷使用，遂於自強校區興建新系館。民國八十七年新系館落成啟用，為地上十二層地下二層之新式大樓，樓板面積約26800平方公尺，成為國內最大電機系館，提供學生寬敞研究、學習環境，為系上研究注入一股新活力。

本系成立迄今九十餘載，歷史悠久、成績斐然，各項教學、實驗設備甚具規模，「務實、實作」一直是成大電機系的訓練重點，畢業生已逾一萬餘人，不論在國內外業界或學術研究機構，均有優異的成就與表現，深受各方讚揚。未來配合台南科學園區的發展，成大電機系無論在產業上、技術上，都將扮演極重要的角色，也將因應全球化的趨勢，迅速發展成為國際一流的學系。